Süle bắt đầu sự nghiệp của mình với Rot-Weiß Walldorf. Sau đó, anh đến Eintracht Frankfurt, nơi anh chơi cho đến cuối mùa giải 2008-09. Sau đó, anh chuyển đến SV Darmstadt 98, và chỉ nửa năm sau đó anh ký hợp đồng với 1899 Hoffenheim. Vào ngày 11 tháng 5 năm 2013, Süle đã có trận ra mắt cho Hoffenheim trong trận đấu với Hamburger SV tại Bundesliga.

Vào ngày 15 tháng 1 năm 2017, FC Bayern München tuyên bố họ đã ký hợp đồng cùng Süle với hợp đồng 5 năm với mức phí 20 triệu euro. Anh sẽ tham gia cùng họ vào mùa hè năm đó.